Внутренняя перелинковка

Скажите пожалуйста, внутренняя перелинковка делается после заполнения сайта, во время оптимизации, или необходимо учитывать при написании текстов?

В зависимости от того, как построена система управления контентом у Вас.

Лично я себе представляю расстановку перелинковки между уже готовыми страницами (готового сайта, дабы уже видеть полную картину что и куда).

Я слышал, что это довольно опасное занятие, потому что если один сайт попадет под АГС, то ляжет вся сеть.