Favicon в IE

Думаю, что проблема в этом:

попробуйте просто загрузить иконку браузером: 


http://ваш-сайт.ru/favicon.ico 


если открывается в окне браузера, то всё в порядке, 

если браузер пытается загрузить иконку как файл или даже, как файл неизвестного типа, значит сервер (на котором находится ваш сайт) не настроен на отображение файлов ico, обратитесь к администрации сервера. 

Вставил gif - работает.

Тогда еще вопрос: почему используют ico? В чем принципиальное отличие от gif в данном контексте?

AddType image/x-icon .ico
в .htaccess (можно image/vnd.microsoft.icon)

Используют ico, потому как изначально их так придумал Microsoft.
ссылка
ссылка (см. также полезные ссылки)