Берете ли вы деньги с активных клиентов за SEO?

Если есть клиент который будет платить за раскрутку берете ли вы с него деньги еще и за необходимость оптимизировать сайт под данные запросы - или не берете, учитывая что это как бы часть раскрутки и он платит?

Это не как бы часть раскрутки. Это основная часть раскрутки

Заказчик потом каждый месяц платит. видимо не за первичную оптимизацию а за покупку ссылок.

Это вы уже как договорите. Обычно клиенту говорят сколько будет стоить поддержка позиций каждый месяц.