Уведомление о новом сообщении

Добрый день!

Я конечно уже привык смотреть в ту часть сайта, где отображается уведомление о новом приватном сообщении, да и почту проверяю часто, но все равно бывает не сразу замечаю. А первые 2-3 сообщения, если бы не почта и вообще бы не заметил

Почему бы не сделать более сильный акцент на это? Например, новое окно чтобы открывалось (как на некоторых форумах).
Думаю я не один такой, у кого все внимание в первую очередь на список новых проектов Но пишу не из-за себя, уже не первый раз замечаю, что тот кому я прислал сообщение был на сайте, но сообщение как было не прочитано, так и осталось не прочитанным (ладно если бы не ответил, но прочитать то точно должен - следовательно, не заметил уведомление).

С Уважением, Александр

Не заметить мигающую иконку, располагающуюся в верхней части сайта, очень трудно.
Это уведомление будет мигать перед глазами в любой части сервиса, поэтому рано или поздно Вы его заметите.
Заменить его на popup было бы ошибкой.